《素问·五常政大论》中“大毒治病，十去其六;常毒治病，十去其七;小毒治病，十去其八;无毒治病，十去其九;谷肉果菜，食养尽之，无使过之，伤其正也“的劝诫，成为中医临床遣药用方、养生防病一贯默守的至理名言。
除此而外，《内经》一书中还有许多与人体健康有关的其他内容，涉及养生、预防、针灸、调摄等诸多方面，至今都有效地指导着人们的防病治病。特别是其中的“治未病“思想，在当前生物-心理-社会医学模式下，更为世人关注和瞩目。
《内经》的理论对于现代中医临床仍然具有非常重要的指导意义。《内经》成书距现在虽然已有2000多年，但人类个体自身的生理功能及病理变化并未发生多大的改变。按照《内经》的理论，如果肺主气、司呼吸，心藏神、主血脉，脾升清、主运化，肝藏血、主疏泄，肾藏精、主气化的功能完全正常，一身气血周流畅通、运行无阻，人体就不会生病。《内经》所确立的独特养生防病视角，决定了它不仅为保障人民健康，繁衍中华民族做出了巨大贡献，而且，还将一如既往地继续为人类的健康事业保驾护航。
《汉书·艺文志·方技略》载有医经、经方、神仙和房中四种中医典籍。除《黄帝内经》外，其他医经均已亡佚。因此，《黄帝内经》便成了现存最早的中医经典。
《黄帝内经》作为中国传统文化的经典之作，不仅仅是一部经典的中医名着，更是一部博大精深的文化巨着，以生命为中心，从宏观角度论述了天、地、人之间的相互联系，讨论和分析了医学科学最基本的命题--生命规律，并创建了相应的理论体系和防治疾病的原则和技术，包含着哲学、政治、天文等多个方面学科的丰富知识，是一部围绕生命问题而展开的百科全书。
《黄帝内经》对于形体与精神的辩证统一关系做出了的说明，指出精神统一于形体，精神是由形体产生出来的生命运动。
在先秦诸子中对神以及形神关系的认识，没有哪一家比《黄帝内经》的认识更清楚、更接近科学。关于形神必须统一、必须相得的论述颇多，如《灵枢·天年》和《素问·上古天真论》。如果形神不统一、不相得，人就得死。如《素问·汤液醪醴》和《素问·逆调论》。《黄帝内经》这种形神统一观点对中国古代哲学有非常大的贡献。
《黄帝内经》以五行为框架，以人体为主要研究对象，形成医学家所特有的天人合一的思想体系。
《黄帝内经》否定超自然、超物质的神的存在，认识到生命现象来源于生命体自身的矛盾运动。认为阴阳二气是万物的胎始。对整个生物界，则认为天地万物和人都是天地阴阳二气交合的产物。阴阳二气是永恒运动的，其基本方式就是升降出入。