为了应对从2000年开始出现的侵略组织“创世者”（理论上为旧十年全部的怪物组成，也有部分人类是其成员。核心领导者不明，目前活动最频繁的种族为奥菲以诺和worm。内部划分为三个组织，战斗组织：掠食者；精锐组织：收割者；侦查组织：窥视者。其中收割者的每个成员，掠食者和窥视者的精锐均有对应的代号），人类组建了名为“骑士联盟”的官方抵抗组织，通过开发或收集骑士系统，遴选并训练适格者，使他们以“假面骑士”的身份抗击侵略者。
第一卷的故事发生在2020年，联盟第一支部战区，高文区部署了一次对创世者秘密据点的清剿行动，为确保计划顺利实施，中央战区派遣游骑兵部队（即骑士联盟的精锐行动部队）的高剑鸣（假面骑士Faiz），李晴希（游骑兵部队的专职联络员，隶属中央战区参谋部），剑炽风（假面骑士Kaixa）协同作战。而在行动中，一个在据点中苏醒的，身份不明的人类青年，在意识恍惚的情况下，使用莱欧骑兵系统杀死六名联盟的战斗员，却在逃出据点后被剑炽风击败并俘虏。（第一章）
在对青年进行检查后，联盟发现他丧失了记忆，也无法查出关于他的任何信息，因此将其羁押。但当高剑鸣看到青年的容貌时，却好像想起了过去的一些经历，令他倍感惊愕，也有意无意地想要袒护这个俘虏。当晚，青年被不明身份的人释放，却在离开联盟分部后遭到螃蟹奥菲以诺的追杀，但在后者即将得手时被一个来路不明的骑士，林铭士（假面骑士decade）救下。（第二章）
虽然林铭士救下了青年，但却也对他动用私刑，此时引发了高剑鸣的不满。在离开联盟后，林铭士便与收割者的大将血玫有过交流，似乎他的身份与创世者有关。青年被救回后，按照高剑鸣的安排被收入一间普通监室。此时，创世者突然袭击市中心医院。联盟紧急出动时，埋伏在联盟内部的窥视者成员“潜爪”（鼹鼠奥菲以诺）来到青年所在的监室中欲要夺取暗藏其中的delta腰带。但在关键时刻，青年凭借直觉完成变身，击杀潜爪。也令赶回来的众人大为惊愕。（第三章）
delta是一条被联盟雪藏十余年的骑士系统，因为至今都没有人能够使用。因此高剑鸣通过自己的身份上报中央战区，在得到参谋部的理锷参谋长和战务部的张云泊总长两名高层的批准后，向高文区的高层申请同意青年参与战斗。高文区的蒋区长最初严词拒绝，但后来因为祁峦秘书长的同意只能作罢，但祁峦似乎对青年的身份有些许了解。高剑鸣为青年起名为“易彬”，并安排他作为自己的副手参与战斗。易彬对此言听计从，也通过对蜘蛛worm的战斗证明了自己的实力。但随后，收割者的大将魔龙（人类名北腾，奥非以诺龙）突然现身，在抢走易彬腰带上的核心芯片后，用一条没有核心芯片的腰带同样变身为delta，令易彬陷入苦战，幸好高剑鸣使用加速形态的Faiz夺回芯片，才帮助易彬脱险。（第四章）
因为高文区出现了异常的收割者活动报告，中央战区进一步增派人手。游骑兵部队的成员司空宏（假面骑士Kabuto），队长吴天崎（假面骑士blade）和中央战区驻守骑士夜芷仪（假面骑士chalice）被先后派往高文区，而他们和高剑鸣都是训练兵时期的好友，也都因为五年前一场被联盟隐匿的旧事，对易彬心怀情愫。在此期间，收割者的大将戮翼（假面骑士psyga），霜刃（鲎型worm），血玫（奥菲以诺玫瑰），鬼蝠（奥菲以诺蝙蝠）逐一登场，并在高文区展开多起杀戮行动。同时出现的还有一直在追击戮翼的青年，皇昭陵（假面骑士orga）。易彬与前辈们一同与这些对手展开恶战。（第五章，第六章，第七章）
在第六章中易彬成功救下一位名叫陈西峰的被害者，并在随后的战斗中与司空宏，吴天崎一起击杀霜刃。但其实陈西峰就是霜刃拟态的，假装被击杀也只是为了继续潜伏安排的戏码。而霜刃和他背后一个不明身份之人，才是整起阴谋的幕后黑手。而在战斗中，司空宏注意到，易彬的攻击方式兼具收割者和骑士联盟的影子，而在看到收割者的标志时，会让易彬陷入嗜杀的状态。（战斗情节为第六章，司空宏的分析在第七章）
其后，易彬和夜芷仪相遇，而夜芷仪似乎对易彬心怀怜悯，因此刻意地接近他。（第七章）两人一同行动时，在别墅内发现了下一名被害者魏哲悉（死因是被鬼蝠射杀），随后血玫突然化作奥菲以诺的形态出现在两人面前，虽两人携手对抗却仍处下风，最后在剑炽风赶到时血玫逃窜。此时易彬发现了被刻在墙上的描写记忆女神摩涅莫绪涅的诗句。（第七章）
在战斗中，高剑鸣逐渐领悟了强大的意义，力量不是用于复仇，而是用于保护应该保护的人，因此被司空宏交付了由上一任Faiz适格者，同时也是高剑鸣的恩师，乾健托付的Faiz blaster，升级为爆裂形态，与皇昭陵一同斩杀戮翼。乾健已在两年前的一场会战中，因为北腾的偷袭而死，而这也是高剑鸣对北腾仇恨的由来。在交谈中，高剑鸣得知，皇昭陵也曾参与到两年前的战斗中，因为崇尚光明正大的对决，所以对北腾偷袭的行径深恶痛绝，却不料遭到戮翼陷害。同僚被害，自己也被收割者通缉，因此才离开收割者，独自追踪戮翼以报仇雪恨。经过高剑鸣的劝勉，皇昭陵决定在联盟之外继续对抗收割者，并和高剑鸣约好了下一次公平的对决。（第八章）
虽然收割者的战将接连被击杀，但鬼蝠精湛的射击也使得越来越多的目标遇害。陈西峰向联盟申请希望以自己为饵，诱杀鬼蝠，但被联盟拒绝，改由易彬担任诱饵（第九章）。深夜，陈西峰利用时停能力离开联盟找到北腾透露计划。（真相是易彬是霜刃计划中的核心，而鬼蝠两次刺杀易彬未果，因此执意要杀死易彬。为了以防万一，霜刃便决定除掉鬼蝠。而北腾的目的是单纯享受与易彬战斗并将其折磨的快感，因此霜刃和北腾暂时达成合作，在这次的行动中留住易彬的命）（第九章）按照计划引诱出鬼蝠之后，联盟全员出动，蒋区长也安排了本是狙击手的秘书金杉支援众人，最后除了北腾逃走以外，参战的奥菲以诺被全数消灭，鬼蝠则被易彬和夜芷仪合力击杀。（第九章）
随着大部分对手被消灭，身处中央战区，作为众人身后技术顾问的好友孙煕浩（中央战区技术部部长）也分析出了这次事件的全貌，收割者的核心目标是一批生物化学专家，而在这些人之中还有一个最关键的人物：刘东政尚未被找到。众人一边处理战区内剩余的敌情，一边搜索刘东政的下落。而易彬和剑炽风在偶然来到魏哲悉遇害的别墅时，易彬借由现场遗留的一些蛛丝马迹判断这其中必有玄机，并发现了化学试剂架后的一扇暗门，随后找到了藏在里面的刘东政。刘东政原本非常不配合，但在看到易彬的样貌后突然变得无比愧恨，就在他表示愿意和两人一同离开时，一直潜伏在众人身后的血玫突然动手杀死了刘东政，并抢走了他口袋中的一管试剂。刘东政在临死前，为易彬注射了一管不明药物，再次对他表示了惭愧后，嘱咐他前往中央战区去找张云泊总长，之后死去。拿到药物的血玫与北腾一同离开。霜刃也联系了一个叫翠魍的人，得知接下来在中央战区会有大动作。而在别墅之外，林铭士也在暗处注视着，并且对易彬产生了兴趣。（第十章）