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得到了让-巴蒂斯特-格雷诺耶的帮助，吉塞佩-巴尔迪尼的香水店东山再起，生意甚至超过了他以前的巅峰时期，就连皇室都开始光临交易桥上的这间小店。吉塞佩-巴尔迪尼已经开始考虑把香水店开到法国各个城市去了。
同时，让-巴蒂斯特-格雷诺耶也开始了解制作香水的神秘技艺。就和音乐一样，每种香水和弦都有四种精华，或音色，小心组成和谐的作品。每个香水都含有三个和弦：前调、中调和后调，必须有十二种音色。古埃及人相信，要创作真正的香水，就需要加入特别的精华，能凸显并抑制其他香味，经过数千年都不会消逝，这就需要加入第十三种香味。当然，这只是一个传说。
让-巴斯蒂特-格雷诺耶在吉塞佩-巴尔迪尼的香水店里留了下来，他认真学习着各式各样保存、提取香味的办法，他对于金钱、名誉、地位都不在乎，他唯一在乎的就是学会如何保存香味。于是，吉塞佩-巴尔迪尼开始教授让-巴蒂斯特-格雷诺耶如何使用冷凝器来提起植物的味道。
让-巴蒂斯特-格雷诺耶很快就学会了蒸馏法，将各种植物的味道保留下来。于是，他开始尝试提取各式各样其他物品的味道，铁链、黄铜、瓷器、玻璃、皮革、石块、塞纳河的水，甚至是一只猫。但是却什么气味也没有得到。
当吉塞佩-巴尔迪尼告诉他，这些东西的味道是没有办法保存的，“你不能蒸馏猫的味道，就好像不能蒸馏你我的味道一般。”看着让-巴蒂斯特-格雷诺耶那纯真而执着的表情，在吉塞佩-巴尔迪尼的话语之下陷入了绝望，那种对于事物最纯粹的追求被保存在那双清澈到透明的眸子里，震慑了所有人的心灵。
让-巴蒂斯特-格雷诺耶病倒了，他开始发高烧。最初几天还伴随着出汗，后来出了无数脓疮，他的身体布满了这些红色的小水疮，其中许多破裂了。流出水状的脓，然后又重新胀满，其他的则已经结疤了，肿胀得大大的，呈红色，像火山口一样裂开，喷出粘稠的脓和带有黄色粘液的血来。过了一阵。他看上去活像个被人们用石头砸死的殉难者，身上有一百处伤口在流脓。
绝望中的让-巴蒂斯特-格雷诺耶失去了生存的希望，他的生命力在一点点流逝。这对于吉塞佩-巴尔迪尼来说，是一个巨大的打击，因为他希望把香水推广至全国的梦想绝对不能缺少这个学徒的帮助。于是，看着奄奄一息的让-巴蒂斯特-格雷诺耶，吉塞佩-巴尔迪尼绞尽脑汁，终于勾起了自己的回忆。“那是神秘的油萃法。”
为了学习这种油萃法，让-巴蒂斯特-格雷诺耶必须到香水制作工业最发达的格拉斯去。仅仅一个星期，这个执着的少年就痊愈了。他为吉塞佩-巴尔迪尼留下了六百种不同的香水配方，作为交换取得了学徒出师证书，得以前往香水之都格拉斯。对此，让-巴蒂斯特-格雷诺耶丝毫不在意，因为滔天的财富对于他的人生来说，没有任何意义。
让-巴蒂斯特-格雷诺耶踏上前往格拉斯的旅途，那天早晨，吉塞佩-巴尔迪尼重新回到了自己的床.上，他紧紧地抱着那记载着六百个配方的笔记本，这将是他下半生的所有希望。也将是他创造一个香水王国的根本。他心满意足地抱着笔记本入眠了，但却再也没有能够醒来。
一直都在地震般动摇的交易桥，第三个和第四个桥墩之间桥面整个崩塌了，上面所有的建筑和房子都坠入了河面，彻底粉碎。吉塞佩-巴尔迪尼的家，就在其中。
这一次。虽然是让-巴蒂斯特-格雷诺耶选择了离开，但是昧着良心只支付了两个法郎路费给他的吉塞佩-巴尔迪尼依旧在他离开之后立刻死去。这算是第五个离弃他的人，也是第六条消失的生命。
离开了巴黎的让-巴蒂斯特-格雷诺耶，终于感受到了自由和解放，离开巴黎越远，他的心情越舒畅，他的呼吸越轻松，他的步子也越快，他最感到自由的是远离了人。在巴黎，狭小的空间里比世界上任何一个城市都住着更多的人，此时他才明白，就是这种堆积在一起的人的雾气，云雾缭绕地笼罩在城市上空，就好像雷阵雨闷热的空气一样压抑了他十八年，他此时才开始躲开这种雾气。于是，他决定违反他原来的意图，不再前往格拉斯，而是开始避开城市，避开村庄，避开人类。
最后，让-巴蒂斯特-格雷诺耶终于抵达了一座荒无人烟的山峰，在顶峰的山洞里找到了一个没有任何人类气息存在的角落，在这里，空气纯洁而没有任何杂质，他高兴地喊叫了起来，就像一个疯子般自己在狂欢着。
他沉浸在自己不受任何事物干扰的生活中，觉得这样的生活很美好，他就像一句尸体一般，几乎不再呼吸，心脏几乎不再跳动，但是却顽强而放荡不羁地生活着。他开始搜索着自己脑海里那些遥远的气味，加拉尔夫人卧室里充满敌意的臭气，鱼市场里充斥着的臭气和凶气，当然还有皮革厂污水的臭气，以及剩下闷热中巴黎人聚集在一起的雾气。就这样，一天天，一个月又一个月，整整过去了七年。
逐渐地，他开始用气味构建自己的王国。从海面上吹来微风像咸杏仁一样刺鼻，茎部充满汁液的绿色植物带着新鲜的春天香气，可爱的花朵散发着金色而柔软的味道，当然还有岩石上潮湿而苦涩的青苔味道……但问题就在于，他从自己的手指上没有闻到任何的闻到，他的腋下、脚上、手掌，什么味道也没有。
这个发现让他开始恐慌起来。他脱下了身上所有的衣服，七年来第一次重新登上了山顶，呼吸着空气里传播过来的味道，然后努力张开双臂迎着风，让风将自己身上所有的味道都洗刷干净之后。他再次回到了山洞里，仔细分辨着山洞里熟悉得不能再熟悉的味道，但是他依旧没有找到属于自己的味道。
他这辈子第一次发现，自己是没有味道的人。对于别人来说。他是不存在的。
让-巴蒂斯特-格雷诺耶第二天黎明，再次踏上了前往格拉斯的旅途，他要告诉这个世界，他是存在的，一直都是存在的，而且是独一无二的存在。
连成锦缎一般的紫色薰衣草田在视线之中展开，但是风儿之中让-巴蒂斯特-格雷诺耶却嗅到了一种独特的味道。他有生之年以来嗅到最美好最完美最精彩的味道。一辆马车从道路上飞驰而过，车厢里的红发少女，带着让人无法遗忘的香气，衣衫褴褛、胡渣邋遢的让-巴蒂斯特-格雷诺耶却像是一片久旱逢甘霖的土地一般，忘情地呼吸着空气里传来的那几乎让世间所有气味都失色的香气。
让-巴蒂斯特-格雷诺耶来到了格拉斯，找到了少女，刚刚沐浴结束的少女，披着浴袍到窗口摘下了一朵白玫瑰。她身上散发的香气让他沉醉其中，贪婪而迫切地呼吸着每一丝每一毫的香气。他知道了她的身份，她是格拉斯议会第二参议的女儿。
他开始在格拉斯学习油萃法。他的天赋很快让他掌握了这种神秘的技艺。他继续实验着自己的想法，他冷酷地杀死了一名在仓库里偷情未果独自留下的少女，然后把少女放在了提炼花香的油槽里，试图按照油萃法的正常手段提取出少女的体.香。但是他失败了。
随后，他花钱雇佣了一名抱着哈巴狗的妓.女，将动物油脂涂抹在妓.女的手臂上，再用纱布包裹起妓.女的手臂，隔夜之后再用刮油刀把油脂刮下来，这样油脂里就会有女人的体.香了。但是妓.女害怕了，她拒绝了。于是。他冷酷无情地杀死了这名妓.女。然后将妓.女的头发剃光，在她的全身上下都涂抹上油脂，实验着自己的想法。
用这种方法提炼出来的味道，终于让他满意了。随后，他在妓.女的哈巴狗身上进行了测试，证明了这种彷佛的确能够提取少女的体.香。他终于成功了。随后，他又做了两次实验，一次是身上什么香水也没有，进入商店之后，丝毫没有人察觉到他的存在，没有体味的他，在这个世界上就是不存在的；第二次则是使用了一名大人物衣物上提取出来的香水，这让他在商店里得到了贵宾的待遇，即使他穿着学徒工的破烂服装。他证实了，依靠香水，依靠不同体.香制作成功的香水，可以让他成为不同的人，甚至可以让他轻易地达到控制他人的目的。
这时，他终于才确定了自己的成功，于是，他拿出了十二个调香瓶，准备调制这个世界上独一无二的香水。
在这之后，接连有少女遇害，被发现时都是被剃了光头的，格拉斯开始陷入了恐慌，实行宵禁。但即使如此，当他没有使用任何香水时，他就是没有味道的，就是不存在的，没有人能够抓到他。少女依旧在遇害，整整二十四个少女都遇害了，这引发了整个格拉斯的慌乱，还让教堂陷入了混乱。
看这那一具具被扭曲成艺术符号的少女尸体，洁白的酮.体冲击着所有人的视觉，而那整齐排列的十二瓶调香瓶，更是冲击着所有人的心灵。
教堂主教在广大民众面前祈福着，隔壁小镇格勒诺布尔传来了凶手落网的消息，这让所有人都高呼“哈雷路亚”，但只有观众知道，他还在制作着自己独一无二的香水。
他开始追逐第二参议女儿萝拉-里希斯，他认定了，萝拉-里希斯就是这个世界上最独特的存在，也将成为他制作香水的第十三香，这将会是让这瓶香水流芳百世、千年不变的关键钥匙。
而萝拉的父亲安托万-里希斯却始终绝对不对劲，这其中有太多太多的疑点了。在萝拉-里希斯接连逃了让-巴蒂斯特-格雷诺耶两次追捕之后，安托万-里希斯虽然没有任何证据，但内心的不安却告诉他自己，那个凶手要在这些女孩身上得到什么才会完结。他预感这个人就是他最心爱的女儿，他每天都被噩梦缠绕着，他就好像是惊弓之鸟，担心自己的女儿随时都会离自己而去。于是，安托万-里希斯带着女儿逃跑了，远远地离开了。
安托万-里希斯兵分两路，让仆人上了女儿的马车，而自己带着女儿单独逃跑。这种方法却依旧没有阻挡让-巴蒂斯特-格雷诺耶的追踪，当他察觉到自己魂牵梦系的香气正在离开这座小镇时，他果断地追赶了出去，然后靠着自己的嗅觉，在岔路口分辨出了正确的方向，追踪跟了过去。
另一方面，最开始那名妓.女的哈巴狗顺着气味追踪到了让-巴蒂斯特-格雷诺耶工作的作坊，并且在让-巴蒂斯特-格雷诺耶房间的地里刨出了之前被谋杀的少女们的头发和衣物。调查工作终于水落石出了，格拉斯方面知道了真正的杀人凶手，就是平时看起来沉默寡言、彷佛根本不存在的一名小学徒。
父女二人在一间随机的家庭旅馆住下，安托万-里希斯将女儿锁在窗口对着大海悬崖的房间里，而自己则住在了隔壁。
没有气味的让-巴蒂斯特-格雷诺耶轻松地爬进了家庭旅馆，即使是狗也没有能够嗅出他的存在。他悄无声息地走进了安托万-里希斯的房间里，从床头柜上拿走了萝拉房间的钥匙，然后顺利地进入了自己的目的地。
看着躺在床上的萝拉-里希斯，那瀑布般的红发在白色的床单上铺陈开来，那美妙绝伦的面容宛若天使。但即使如此，她的美貌也没有能够激起让-巴蒂斯特-格雷诺耶任何的同情心，他没有任何犹豫地就挥起了自己手中惯用的石杵，完成了他独一无二香水第十三种香味的收集！
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