杨度带着钱款施施然离开北京，开始了他合纵连横的无双辩士生涯。孙元起则苦命地留在京城，依旧过着朝九晚五的副部级公务员生活。学部的事务说多不多，说少也不少，每天军机处总会转来一些奏折，需要学部办理。1909年底到1910年初，孙元起就一直忙于筹办京师图书馆和筹建京师分科大学的事情。
京师图书馆就是国家图书馆前身。中国自古有爱书藏书的优良传统，国立藏书机构很早便已经出现。如今新建图书馆，各地官宦士绅捐赠的热情比往经世大学送书还积极许多。孙元起搭建起里面的人员架构，图书馆很快就正常运转起来。
至于分科大学，则类似今天大学里分设的各种学院。京师大学堂从开设之初，就被定义为中国最高等的综合大学，学科广泛涉及文、理、工、农、医、法等诸多方面。学生入学后，根据专业，按照《章程》规定学习相应科目，成绩合格后予以毕业。
最初的设想自然是极好的，可是实行起来却困难极多。
首先，课程设置不合理，导致学生上课经常不知所云。比如学习电路分析，之前总要先学高等数学和普通物理，才能知道所以然。但大学堂眉毛胡子一把抓，根本不分主次先后，而且基于当初国人不懂西学的实际情况，课程内容普遍过于简单。
其次，老师经常缺岗，导致一些课程无法正常授课。京师大学堂的老师，要么是有点学问的本土官僚，要么是从国外聘请的洋教习。本土官僚多半俗缘未了，一边在京师大学堂做老师，一边与京中各部长官勾勾搭搭眉来眼去，期望捞个中意的实缺。一旦得偿所愿，马上离开学校，哪管听课学生的死活？至于那些洋教习，则多是在本国混不下去的失败者，被迫来到传说中盛产黄金和香料的东亚淘金，本身也没多少真才实学。京师大学堂只是他们短暂的栖身之所，哪天碰到发财良机，绝对是飘然而去，不带走一片云彩。
第三，学生人数众多，管理考核大为不便。科举制度取消后，京师大学堂毕业生可以授予进士、举人等功名，吸引传统的读书人一时齐聚，学堂入学人数骤然增多。京师大学堂本来管理就不严格，再加上位于闹市之中，难免龙蛇混杂，学校里一片乌烟瘴气。
有鉴于此，从1908年开始，学部就筹议把京师大学堂仕学馆按照学科拆分成不同专科，分开管理。经过近两年时间的筹措，终于拿出了分科方案：共分为经、法、文、理、农、工、商、医等八科，除了医科因为监督屈永秋尚未到职暂缓外，其余七科均于宣统二年（1910年）三月间开学；其中，还允许外国留学生到经科大学学习。
需要特别说明一下，这里的“经科”可不是后世的经济学，经济学在清末叫“商科”，“经科”特指儒家十三经为中心的经学。这门学问除了东亚数国，全世界还真没几个人研究。作为经学的发源地和根据地，中国在这门学科里的地位更是无人撼动。朝廷允许外国留学生来学习经学，倒是名正言顺。只是他们也不想想：现在还有哪个国家会派留学生来学习经学？
日本自明治以来大力脱亚入欧，经学早已被扫进垃圾堆。属国之中，琉球、朝鲜被日本吞并，安南、暹罗被英法圈为殖民地，廓尔喀也岌岌可危。难道指望美利坚、欧罗巴那些信仰基督的白人？
此次大学堂分科，不难看出其中很多设置参考了经世大学的做法，使得经世大学在中国高等教育的标杆作用进一步凸显。
当然，凸显的不仅在于制度，还在于人事。不用说，理科、工科的教员自然全是经世大学学子，连经、文、医也有不少是经世嫡系。此外，孙元起还举荐张元济出任理科大学监督、严复为工科大学监督、罗振玉为农科大学监督。
在学部和军机处看来，学堂监督尽管是四品官，不过在教育口，而且是委派，半点实权没有，是鸡肋一般的存在。见学部侍郎保举，加上他们三位在经世大学办学确实卓有成效，居然都顺水推舟同意了。等上谕传到经世大学，张元济、严复、罗振玉三人才知道孙元起保举他们的事，都大感意外，赶紧乘车赶到城里，想向孙元起问个究竟。
刚一进门，严复就劈头盖脸地问道：“百熙，老夫的工科监督是你保举的么？为什么保举老夫？怎么事前都和老夫说一声？”
“养移体，居移气”，孙元起担任提学使、左侍郎三四年时间，总算有点处乱不惊的模样。当下也不着急回答，而是恭敬地请三人进屋落座，奉上香茶后才慢慢说道：“不错，诸位先生的监督之职是我举荐的。要问为什么，这理由可就多了。比如，我对京师大学堂总监督刘潜楼（刘廷琛）有些成见。
“诸位都是经世大学元老，知道近几年我们学校毕业生非常抢手，不仅各处学校需要，工矿企业需要，连本校成立研究所也非常需要。这说明什么问题？说明国内需要大量高科技人才，而我们学校培养的人才远不能满足社会的需求，其他学校培养的学生则达不到社会需要的标准。京师大学堂作为全国公立最高学府，在此时理应肩负起这项重任，积极探索培养人才的方法。事实上呢？他们的学生正事不干，就知道逛窑子、喝花酒、捧戏子！
“我会北京后曾写信给刘潜楼，邀请见上一面，希望能说动他严加管束学生，提高教学质量。谁知他却拒不相见！好，他既然不见我，我只有另外想法子。说来也巧，不久便遇上大学分科。所谓科技，无非是理、工、农、医。医学不是我们学校所长，我便只谋求剩下的三科。谁知天随人愿，居然全部中选，实在可喜可贺！
“至于为什么事先没有跟你们说一声，是因为最初举荐之时我心中也没底。如果先和你们说了，结果未能获选，反而不美。所以便自作主张，还望诸位海涵！”
严复大为不满：“百熙，老夫已经年过半百，雄心早就消磨殆尽，不耐做官应酬，只希望在经世大学里老老实实做个教书匠。这工科监督，你还是另选高明吧！”
张元济、罗振玉也道：“我们在经世大学不是好好的么？干嘛要去蹚京师大学堂那湾浑水？如果说培养学生不够用的话，下一学年多招些便是，反正每年全国报考的学生那么多！”
孙元起摇摇头：“经世大学多招收一些学生自然可以，但绝不能把培养人才的希望寄托于某一所学校，这本身就是一个不可能完成的任务。而且师生间没有竞争、近亲繁殖，很容易导致学术的退化。
“京师大学堂分科大学则是培养人才的不错选择，毕竟它是国立最高学府，身后有国家财力的巨额支持，学生素质也不差，老师又都是我们学校的学生，只要假以时日，必然可以桃李满天下。”
严复有些伤感地说道：“当年我和鹿门（皮锡瑞）在西山痛饮醇酒、共赏红叶之际曾立下誓言，愿在学校着书教授终老一生。鹿门践行此誓，终生不渝。如今我岂能因为鹿门辞世而负心违愿，辜负好友于九泉？”
皮锡瑞因为疾病在去年冬天不幸离世，成为经世大学成立以来第一位逝去的教授。学校专门组织了治丧委员会，除了安排后事，还支持编印《皮鹿门先生全集》、在校园树立全身雕像等。作为生前挚友，严复在百忙之余，亲自董理皮锡瑞的丧事，还把遗属接到家里长住。
孙元起在建校之初便规定：学校给予老师的住宅，只允许老师在世时享有使用权；一旦老师去世，学校自动收回。但直到此时，这条规定才发挥作用。但规定毕竟没有经过实践检验，看上去有些不近人情。老师为学校服务那么多年，一去世便把遗属扫地出门，这也太令人寒心了吧？所以，这条规定随即被修正为：老师去世三个月后，学校收回房产。给了家属很长一段时间缓冲调整。
皮锡瑞先生也非常明理，去世之前特别嘱咐家人两件事：第一，把藏书、手稿捐给学校图书馆；第二，把半山居寓所退还给学校。
孙元起也有些默然，良久才说道：“几道先生，实在对不起，是小可鲁莽了！只是工科大学监督命令刚刚发布，一时之间不好替换。而且这个职位确实非同一般，对于培养工科人才具有重要意义。我们国家现在最紧缺的就是工程师，能够早一天造就，就能早一天发挥效用，我们是一刻钟也耽误不起啊！
“好在京师大学堂离我们学校不远，而且里面老师都是您的学生，只要您立下规矩、整顿学风，他们都会认真遵从。我再从经世大学教育系给您拨几个学生，负责参谋筹划，不会耽误你太多时间。半年！半年之后，我一定想办法找人替你，如何？”
见孙元起说得实诚，严复只有勉为其难地答应了。
张元济在经世大学建校之初就主持校务，对学校的感情深极了。此时皱着眉头问道：“我和叔言都走了，经世大学怎么办？由谁来主持工作？”
确实，他们俩一个是主持日常行政事务的校长，一个是主持教学的校务委员会主任，如今都走了，谁来处理学校千头万绪的工作？
孙元起摩挲着下颌的胡茬，轻声说道：“京师大学堂衰败已久，非用诸位痛下猛药，则无法振聋发聩。经世大学在诸位鼎力扶持下已经渐入佳境，纵使离去后稍有停滞，也会渐此好转。而且两校相距不远，到时候还希望诸位相互帮忙。学校事务，静安如何？”
王国维是位多才多艺的学术宗师，不仅在历史学、文学等方面横绝古今，在美学、教育学、心理学方面也颇具开创之功。所着《教育之宗旨》一文，首次提出“美育”一词，在中国教育史上第一个倡导德、智、美、体四育并举的教育理念，明确提出教育的宗旨是培养“完全之人物”，为中国现代教育理论的创建做出了划时代的贡献。
罗振玉对于王国维来说是亦师亦友，所以了解极深，闻言答道：“静安才华横溢，惊艳绝伦，性喜学问而不耐俗务。如果让他安心做学问，十年之后必然名满天下。如果天天忙于校务，只怕十年之后他会变成一介俗人。不知百熙以为当如何抉择？”
孙元起苦笑道：“君子自然要成人之美。”
张元济道：“如果百熙不嫌弃，我倒可以推荐一个人选。”