中平二年（公元185年）八月，朝廷派遣张温接替皇甫嵩，曹操本就是皇甫嵩请来参赞军机的，自己有没有带兵马，因此皇甫嵩被罢免之后，也回返东郡了，至于荀彧，则是提前成为了曹操的谋士，跟随曹操一起回返东郡。
张温接替皇甫嵩的帅位之后，率领十万余人马行至美阳扎营。边章和韩遂也率本部来美阳作战，双方胜负未分，张温一度未能取得优势。
十一月，一颗流星坠入叛军营寨，叛军军心动摇。董卓率本部人马趁机突袭，击溃叛军，迫使边、韩向西退入金城郡的榆中。此战得胜后，张温兵分两路追击叛军:周慎率军三万攻榆中，董卓率军三万追击湟中义从胡。
但周、董都战败了。周慎不顾部将孙坚切断敌军粮道的建议，结果自己的粮道反遭敌军切断，只得仓皇撤退;董卓在望垣被羌人包围，粮食耗尽。董卓采用谋士李儒的建议，在河上筑堤坝，作捕鱼虾状，却秘密率军渡河，得以逃脱。羌人想追击时，因被堤坝拦截的河水太深而无法渡河。此次进攻，诸将中只有董卓全军而还。
虽然美阳之战阻止了叛军向汉朝的心脏地带进军，因汉军进攻失败，叛军仍在黄河上游保有势力。渭河上游河谷成为双方争夺的地区。
中平三年（公元186年）冬，叛首边章病亡，北宫伯玉、李文侯死于内讧。新任凉州刺史耿鄙认为可以从中取利，试图在没有来自其他地区的大军援助的情况下在凉州重建汉庭的统治。傅燮试图劝阻，称百姓并未习惯耿鄙这个长官、军队也没有时间建立士气，但耿鄙仍自行其是。
中平四年（公元187年），耿鄙集结六郡军队攻地处西疆的陇西郡。先前因陇西郡太守董卓率部前往参与朝廷平定并州叛乱使得陇西郡兵力不足，防务空虚，陇西郡为韩遂军所占。但耿鄙任用贪官程球为治中，让士绅和百姓寒心。四月，军队开至陇西郡治狄道时，耿鄙军发生兵变，程球和耿鄙都被杀死。变兵在狄道人王国带领下加入叛军，合围陇西以东的汉阳。傅燮身为汉阳太守，善待百姓，远近敬重，叛军在和他作战时踌躇了。叛军数次试图说服他逃跑或投降，但尽管人力物力日益短缺，傅燮仍决心誓死守城。在一场孤注一掷的冲锋中，傅燮阵亡。
此事后，耿鄙下属军司马马腾率本部投韩遂，共推王国为帅，叛军一齐劫掠长安周边地区。他们也首次统治了整个凉州。张温因而因平叛失败被解职。
中平五年（公元188年）末，朝廷几乎放弃了收复凉州的希望，很大程度上让地方自守。但凉州叛军首领王国等人再次率大军东进攻长安门户陈仓，使得长安三浦地区再次陷入危机，灵帝本打算再度起用皇甫嵩为帅，守卫长安。皇甫嵩欣然领命，但此时朝廷的精锐大军已经在这几年里消耗殆尽，因此朝廷能给与皇甫嵩的兵力只有五万余人，而且还是新军。皇甫嵩、卢植、朱儁、蔡邕等人联名请奏，凉州之乱多年未平，民心思定，但如今朝廷实力有限，这些兵马固守有余，进取不足，希望朝廷能出面，请并州军前往收复凉州。
这份联名的奏请在朝堂引发了轩然大波，朝廷顿时分成了三派：赞成、中立、反对。
赞成的自然是那些与刘飞交好，而且不希望凉州从大汉分裂出去的那些人，这些人多是以卢植为首的清党人士，还有一些以皇甫嵩为首的军方将领。
至于那些中立的“骑墙派”，则是以大将军何进为首的外戚势力以及十常侍为首的宦官势力，这些人本来就和刘飞没有利益冲突，所以一直采取“望风”对策，灵帝支持哪一边，他们也跟着支持哪一边。
那些反对的便是士族门阀了，这些人跟刘飞可谓“仇深似海”。尤其是刘飞在并州推行新政之后，并州境内再无地主世家，有的只是商业世家。这三年多来，并州的繁荣让他们所有人瞠目结舌。
“陛下，这三年多来，我大汉北军与凉州叛军交锋数十次，如今已经不复昔日精锐，皇甫将军虽然善战，但终究是以寡击众，守成有余而进取不足啊。如今凉州已落入叛军之手一年有余，若是再不派强军收复凉州，迁延日久，凉州恐不复大汉所有啊！”卢植出列言道。
“卢爱卿，你说的这些朕都明白，可是如今朝廷确实无兵可派了，就皇甫嵩麾下的那些兵马还是从各州郡拼凑出来的，这点想必你应该明白，哪里又有什么精锐啊，你总不能让朕把守卫皇宫的禁军派出去打仗吧。”灵帝有些生气的说道。
“陛下，微臣绝无此意，微臣说的强军指的可不是禁军，难道陛下忘了，我们大汉可是还有一支号称天下第一军的部队啊。”卢植说道。
“你是说....？”
“没错，陛下，西凉叛军久经战乱，彪悍无比，又多是铁骑，如果说这天下间还有一只部队能轻易击溃他们的话，那么这支部队无疑是靖边侯的并州军！三年前，我们十五万精锐大军以及近二十万士族尸兵组成的联军讨伐并州，那时候的并州军的实力就远远强于我们大汉最精锐的北军，以一当十不再话下，而且除了士兵的身体素质，并州军的武器装备士兵的素质都远在北军之上，如果陛下能让他们讨伐凉州乱军，以微臣之见，不出三个月，凉州必定能重归大汉统治。”
“卢爱卿，朕也知道鹏举的能力，要不然朕当初也不会封他为靖边侯了，只是当初刘飞他已然抗旨，又曾与朝廷大军刀兵相见，你认为朕让他去平叛他会遵命行事吗？”刘宏道。
“陛下，靖边侯为人有情有义，又痛恨异族，现在凉州叛乱的主要就是羌人，微臣敢用性命担保，只要陛下下令让他派兵平定凉州的叛乱，他必定会出兵的。”卢植道。
“陛下，不可啊，并州军确实强悍，但刘飞此人狼子野心，前番在并州推行什么新政已经弄得天下人心惶惶，现在陛下又派他去凉州，到时即便凉州叛乱平定了，凉州恐怕又会成为第二个并州啊。”袁隗见灵帝已经有几分意动，立刻站了出来反对道。
“陛下，袁大人此言大谬，整个大汉都在传靖边侯有不臣之心，可是这些年来，靖边侯的所作所为陛下都看在眼里，他做的哪一件事为的是他自己啊？别的不说，就说并州，之前靖边侯冒天下之不韪在并州推行新政，我们都以为他是为了一己私欲，想要消防恶贼王莽篡汉自立，可是经过了这三年多的发展，并州的改变我们有目共睹，仅仅在财富这一方面，如今的并州就富可敌国，一年的赋税是整个大汉王朝的三倍有余，这难道还不值得我们反思吗？”卢植道，“再说，如果靖边侯真的如天下人所说狼子野心，这三年来为何只向北扩张领土，而对我大汉其他州郡秋毫不犯？难道是因为他们怕遭到朝廷的讨伐吗？还有，这些年来，靖边侯对外一直自称是大汉的镇北将军，是陛下的御弟，从未因为当初朝廷讨伐过并州而否定自己作为大汉臣子的身份，这些难道还不能说明问题吗？”
卢植顿了一顿，接着说道：“袁大人说凉州会成为第二个并州，老夫倒是想问一句，并州难道不好吗？想必袁大人也应该知道，并州如今已经成为了天下百姓的心中的圣地！如果凉州真的能成为第二个并州，那么将是大汉之福。”
“不错，并州确实是很繁荣，可是并州的土地都被刘飞一人掌握着，普通的世家只能靠行商来获取钱财，士农工商，古已有之。工匠商人皆为卑贱之人，如今在并州的地位却与我等士人同列，这是对礼仪的不顾，这是不遵祖制。而且，并州再繁荣也是他刘飞的并州，而不是陛下的并州。”袁隗这话可谓句句诛心。
卢植听后，不慌不忙的说道：“袁大人这话老夫可不赞同，什么并州是刘飞一人的并州，此言大谬。姜太公（指姜子牙）曾言：‘天下非一人之天下，乃天下之天下也，同天下之利者，则得天下；擅天下之利者，则失天下。天有时，地有财，能与人共之者仁也。仁之所在，天下归之。免人之死，解人之难，救人之患，济人之急者，德也。德之所在，天下归之。与人同忧同乐，同好同恶者，义也。义之所在，天下赴之。凡人恶死而乐生，好德而归利，能生利者，道也。道之所在，天下归之。’刘飞之所以能在并州拥有那么高的威望，就是因为他与民同利，以天下百姓利益为先，而不是以士族门阀的利益为重。他很明白民为贵，社稷次之，君为轻的道理。陛下乃天子，代天牧守百姓，微臣相信，只要陛下能效仿姜太公所言，靖边侯所为行事，必定能使凉州百姓归心，使天下百姓感恩戴德。因此，微臣恳请陛下降旨，派遣并州军平定凉州之乱。”